De Vrijmetselarij steunt vooral op samenhorigheid en menslievendheid. Broederschap en hulpvaardigheid waren kenmerkend voor Mozarts karakter en hij had ook een grote behoefte aan ware vriendschap. Zijn toetreden tot de loge stond niet lijnrecht tegenover zijn diep katholiek geloof. (Aanvankelijk was zelfs de clerus (de kerkelijke leiding) vertegenwoordigd in deze broederschappen.) Mozart schreef voor verschillende vieringen speciale muziek, die door alle leden werd meegezongen. Daarom vertrok hij vaak van bekende koralen en volksliederen, die hij zelf van een nieuwe tekst voorzag. De nieuwgeschreven liederen eindigen dikwijls met de gezamenlijke herhaling van de laatste zin van de solist. In "De Toverfluit" zijn hiervan sporen terug te vinden: hij gebruikte enkele bekende melodieën en ook het systeem van die herhaalde laatste zin. (B.v. de aria "O Isis und Osiris"). Terwijl deze broederschappen strikt voor mannen bedoeld waren, werd het toelaten van vrouwen hevig in discussie gesteld. Aangezien Mozart voor gelijkheid tussen man en vrouw was, liet hij Tamino en Pamina (de beide geliefden uit De Toverfluit) hand in hand door water en vuur gaan voor hun inwijding in de wijsheidstempel.